Grup projeleri

Etkinliğin proje oturumları öğrenci gruplarına verilen mini-projelerin 6 gün içerisinde tamamlanmasını amaçlamaktadır. Bu süreçte öğrenciler yardımcı eğitmenlerinde yönlendirmesiyle kendi grupları içinde bağımsız hipotez üretmeyi ve verileri doğru analizleri bularak çözümlemeyi öğreneceklerdir.


Projeler:

1. Anıl Soyumert (& Ezgi Ozkurt) – Büyük Memeli Türlerinin Uzun-Dönem İzlenmesi ve Genetik Analizlerle Popülasyon Büyüklüklerinin Belirlenmesi

Proje çalışmasının ilk aşamasında, büyük memeli popülasyonlarını uzun-dönem izleme çalışmalarında sıklıkla tercih edilen fotokapan yönteminin kullanımı ve verilerinin analizi ele alınacaktır. Güniçi ve mevsimsel aktivite desenlerinin belirlenmesi gibi analizler, Batı Karadeniz ormanlarındaki büyük memeli komünitesine ait yaklaşık 7000 adet fotokapan kaydı ele alınarak gerçekleştirilecektir. Çalışmanın ikinci kısmında ise, genetik analizlerle
popülasyon büyüklüğünün belirlenmesi üzerine devam edilecektir. Elde edilen sonuçların yorumlanmasıyla, bölgedeki koruma çalışmaları büyük memeli türleri açısından değerlendirilecektir.


2. Kahraman Ipekdal – Türler Arasi Melezlesme Nasil Saptanir

Grup projesinde, araştırmalar açısından cok önemli olan melezleşme tespitinin, genom verisi kullanarak, nasıl yapıldığını inceleyeceğiz. Bu amaçla bir güve tür kompleksinden gelen mitokondriyel ve çekirdek genom verisi kullanacağız. Mitokondriyel genom verimiz COI, çekirdek genom verimiz ise ITS-1, fotoliyaz ve mikrosatellit bölgelerinden gelecek. Veri setlerini ve analizde kullanacağımız yazılımları yazokulu sırasında benden temin edebilirsiniz. Yazılımları nasıl kullanacağınızı ve izlemeniz gereken adımları grup proje saatlerinde anlatacağım.

Detaylar icin:

Türler arası melezleşme nasıl saptanır?


3. Tuba Bucak – Iris Veri Setiyle Veri Madenciligine Giris:

Projede 3 Iris bitki türüne (Iris setosa, Iris virginica and Iris versicolor) ait, her bir türden 50 örnek olmak üzere toplam 150 örnek sayisina sahip bir veri setini kullanarak veri madenciligi uygulamasi yapilacak. Farkli fenotipik karakter verileri (taç yaprak uzunlugu, taç yaprak genisligi, çanak yaprak genisligi, taç yaprak genisligi) üzerinden 3 türü veri analizi sonucu birbirinden ayirt etmek mümkün müdür, sorusu üzerinden yola cikilacak.

Detaylar icin:

http://users.metu.edu.tr/e168244/classification.html


4. Ekin Sağlıcan – Testis Transkriptom analizi

Güncellenecek.


5. Emrah Kirdök – Mikroarray veri analizi yöntemleri ile soguk stresi durumunda Arabidopsis thaliana bitkisinde gen anlatiminin incelenmesi:

Projede, A. thaliana Col-0 bitkilerinde ve iki farklı ekotipinde (Col-0 ve C24) soğuk stresi durumunda gen anlatımı örüntülerinin incelenmesi ve stres koşullarında anlatımı değişen transkripsyon faktörlerinin belirlenmesi için mikroarray veri analizi teknikleri kullanılacaktır.

Detaylar icin:

Mikroarray veri analizi yöntemleri ile soğuk stresi durumunda Arabidopsis thaliana bitkisinde gen anlatımının incelenmesi

Okuma önerileri:

agriGO: a GO analysis toolkit for the agricultural community

Signal transduction during cold, salt, and drought stresses in plants

The Arabidopsis Cold-Responsive Transcriptome and Its Regulation by ICE1

Getting Started in Gene Expression Microarray Analysis

Reklamlar

Bir Cevap Yazın

Aşağıya bilgilerinizi girin veya oturum açmak için bir simgeye tıklayın:

WordPress.com Logosu

WordPress.com hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Google+ fotoğrafı

Google+ hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Twitter resmi

Twitter hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Facebook fotoğrafı

Facebook hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Connecting to %s