Uygulama Dersleri


1. R Programıyla Ekolojik Veri Analizi

Gerekli dosyalar:

R kurulumunu yaz okuluna gelmeden yapmak icin izlemeniz gereken adimlar icin bu linki tiklayiniz.

R modü ders programı

Eğitmenler : İstem Fer, Tuba Bucak

Açıklama : Bu R ile programlamaya giriş modülünde, numerik ve grafik analizler yaparak programlamanın temel kavram ve tekniklerini öğreneceğiz. Öğrendiklerimizi uygulama derslerinde ve grup projelerinde kullanabileceğiz.

Toplam süre : 8 saat

07.09.2015 Pazartesi (İstem Fer & Tuba Bucak)

Gün-1.1 [11:00-12:00] R’a giriş

– R ortamı

– R sözdizimi (syntax)

– Veri okuma/yazma

Gün-1.2 [13:00-14:30] Veri türleri

– Vektörler

– Matrisler

– Diziler

– Listeler

– Veri çerçeveleri

– Faktörler

– Tablolar

15dk ara

Gün-1.3 [14:45-16:15] Veri yönetimi

– Mantıksal işleçler

– Veri düzenleme

– Filtreleme

– Sıralama

– Birleştirme

– Yeniden yapılandırma

– Kontrol akışı

– Koşul yapıları

– Döngüler

15dk ara

Gün-1.4 [16:30-18:00] Fonksiyonlar

– Fonksiyon yazma

– Fonksiyon çağırma

– Kapsam kuralları

08.09.2015 Salı (İstem Fer & Tuba Bucak)

Gün-2.1 [11:00-12:00] Temel grafikler

– Çubuk çizim (bar plot)

– Histogram

– Kutu çizim

– Serpme çizim

– Çizgi çizim

– Grafik özellikleri

09.09.2015 Çarşamba (Ayşegül Birand, İstem Fer, & Tuba Bucak)

Gün-3.1 [11:00-12:00] R ile temel istatistik

(Not: Bu oturum temel istatistik kavramlarıyla ilgili kısa hatırlatmalar içerecek olup bunları R’da uygulayan fonksiyonların nasıl çalıştığını göstermeye yöneliktir. Bu konularda eksikseniz önceden biraz bakıp gelmek isteyebilirsiniz.)

– Dağılımlar

– Korelasyon

– t-testleri

– Parametrik olmayan testler

– Basit lineer regresyon

– ANOVA

Toplam süre: 8 saat

Eğitmenler

Istem Fer: http://www.researchgate.net/profile/Istem_Fer

Tuba Bucak: http://www.metu.edu.tr/~e168244/

Ayşegül Birand: http://www.metu.edu.tr/~birand/labpage/Aysegul_Birand.html


2. Genom Çapında DNA Dizisi Analizi

NEXT GENERATION SEQUENCING BIOINFORMATICS WORKSHOP PROGRAM

1) Introduction to NGS technologies and a brief introduction of the different methods of sequencing techniques, problems that can be addressed via computational analysis and the possible computational approaches to solve these problems.

2) Introduction to the unix command line tools. A brief introduction to the bash scripting, awk and sed for basic file and format manipulation. How to compile bioinformatics tools and use them in the unix environment.

3) Introduction to the scripting for bioinformatics. How to merge commands together to execute a set of applications and how to set up pipelines.

4) Introduction to the NGS data formats and tools that we are going to use for the rest of the workshop.

5) How to extract the usable reads from the sequencing machines and brief introduction to the quality control of the NGS data. Read mapping and reference sequence preparation.

6) SNP and small indel discovery using the available tools with practical applications.

7) Structural variation, copy number variation and copy number polymorphisms and segmental duplication detection methods.

8) Sequence assembly algorithms and their applications and shortcomings.

9) RNA-SEQ Analysis.

10) Interpretation of the data and brief introduction to the System biology.

Toplam süre: 8 saat

Yaz okulu öncesi/sonrasi detayli bilgi almak isteyenler icin:

Eğitmenler

Emre Karakoç: http://www.researchgate.net/profile/Emre_Karakoc2

Mehmet Somel: http://bio.metu.edu.tr/pp?un=msomel

Reklamlar

Bir Cevap Yazın

Aşağıya bilgilerinizi girin veya oturum açmak için bir simgeye tıklayın:

WordPress.com Logosu

WordPress.com hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Google+ fotoğrafı

Google+ hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Twitter resmi

Twitter hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Facebook fotoğrafı

Facebook hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Connecting to %s